住宿方案的轮住乱差异安排也引发赛场公平性质疑。住宿乱象仍未完全平息，宿出亚奥理事会已经介入关注本次住宿分配风波。现严选手通勤仅需30分钟，重混住屋组委会仅简单按照房间床位数量机械凑数，日本
日本奥委会早已预判住宿会产生各类问题，男女未严格区分性别。被分本次选手住宿依托邮轮客房进行分配，配同出现男女选手被分配至同一房间的亚运尴尬状况。安排受影响运动员撤离邮轮，轮住乱两地通勤时长差距悬殊。宿出启用此前提前在名古屋市内预定的现严选手备用酒店，往返赛场单程耗时约3小时；而日本乒乓球队被安排在场馆附近酒店，重混住屋因此提前储备市内备用酒店资源。日本赛事放弃建设传统亚运村，
事件发生后，
2026年爱知・名古屋亚运会开幕前夕，
日本代表团副团长水鸟寿思于9月17日在新闻发布会上确认了这一问题。现已攀升至接近2400亿日元。中国乒乓球队队员居住在邮轮，截至9月18日赛事开幕前，剩余人员分散入住市内各处酒店。单纯凑齐人数，东道主住宿安排曝出重大疏漏，采用“大型邮轮+集装箱临时住房+分散酒店”的复合住宿方案。原始预算850亿日元，日本代表团部分运动员在邮轮住宿环节遭遇性别错配分房，组委会方面已承诺对住宿分配方案开展整改。
其中意大利籍“歌诗达赛琳娜号”邮轮承担约4000名参赛人员住宿，最终出现女运动员混住、本届名古屋亚运会受预算大幅膨胀影响，解决住宿窘境。
据了解，男女选手被分到同一客房等一系列问题。选手与教练同房、
典型分配逻辑如五男五女分配五间双人房，日本代表团紧急协调换房，忽略性别划分，